Eine Besonderheit des kirchenmusikalischen Lebens an der Kreuzkirche ist das Orchester der Kreuzkirche. Schon bald nach der Wiederaufnahme des musikalischen Lebens nach dem zweiten Weltkrieg gründete KMD Hans Geffert gemeinsam mit dem Bonner Geiger Heinrich Schiffer ein Streichorchester, das die Kantorei bei Kantaten und Oratorienaufführungen begleitete.

1993 gründete Karin Freist-Wissing, die seit September 1990 Kantorin der Kreuzkirche ist, das heutige Sinfonie-Orchester, zunächst als Projektorchester mit ausgesuchten Laien- und Profimusikern. Schon bald entstand der Wunsch, regelmäßig zu proben, so dass seit 1994 eine kontinuierliche Arbeit möglich ist.

Neben der Begleitung von Kantorei oder Kammerchor bei Oratorien und Kantaten nimmt die reine Orchesterliteratur einen wichtigen Platz in der Konzerttätigkeit des Orchesters ein.

Besondere inhaltliche Konzepte, die sinfonische Orchestermusik mit christlichen Werten und Idealen in Beziehung setzen, liegen vielen Konzerten zugrunde. Sie lassen bekannte Werke, wie z.B. die "Pastorale" von Beethoven, die 4. Sinfonie von Brahms oder die "Unvollendete" von Schubert in neuem Licht erscheinen. Es ist in Bonn eine Besonderheit, dass Orchesterwerke in einem Kirchenraum aufgeführt werden. Die Grenzen zwischen weltlich und geistlich werden dadurch fließend, es kommt Einiges in Bewegung, Gewohntes muss neu überdacht und Ungewohntes offen aufgenommen werden. Das Sinfonie-Orchester der Kreuzkirche möchte den Kirchenraum zu einem Ort der musikalischen Grenzgänge und der Begegnung machen.

Ein wichtiger Bestandteil dieser Konzerte ist die Aufführung unbekannterer anspruchsvoller Werke, wie z.B. den "Sea Pictures" von Elgar, oder den "Liedern und Tänzen des Todes" von Mussorgsky. Arnold Mendelssohns 2. Sinfonie in C-Dur hat das Orchester 2005 erstaufgeführt.

In der Stadt Bonn, in der es viele sehr gute Orchester gibt, hat sich das Sinfonie-Orchester der Kreuzkirche einen Platz weit vorn erspielt, das zeigt der gleichermaßen begeisterte Zuspruch von Zuhörern und Bonner Presse bei den Orchesterkonzerten in der Kreuzkirche.